在商业特许经营备案办理过程中，常见的问题除企业本身的实质性条件问题外，更多的就集中在材料的规范性方面，具体而言，主要包含以下几个方面：
1、操作手册问题：
在备案审核过程中，主管部门对操作手册的完整性、可操作性均有相应的要求，对于过于简单、模板化、内容不完善、不具备所属行业或品类可操作性或存在其他明显实质性错误或问题的操作手册，主管部门将会对备案申请予以退回，并要求申请单位予以修改补充。
2、特许经营合同问题：
特许经营合同中，常见的问题主要集中在冷静期条款的设置上，部分特许经营合同缺少冷静期条款，部分特许经营合同的冷静期条款中设置的冷静期时间不合理，或部分特许经营合同模板与提供的与首家加盟商签订的合同内容不一致，以及部分合同的内容设置不能体现出是特许经营模式，均会导致备案申请予以退回。
3、租赁材料问题：
直营店经营场所的租赁证明问题主要集中在房产证、以及房产证地址与租赁合同中的地址、执照地址不一致，租赁合同签署不规范，如租赁人不能体现出于直营店之间的关联性，缺少租赁费用的支付证明不能提供或者不规范，缺少租赁发票，租赁时间不满一年等等。
4、经营资源证明材料问题：
当商标权人与备案主体不一致时，若该商标资源未在商标局做商标许可使用合同备案，或不能提供商标许可使用合同，或许可使用合同存在显著性问题时，如许可起始时间早于公司成立时间，许可时间还未满一年，注册商标权获得还未满一年等等。
5、其他材料问题：
在部分省市，还可能会因为不能提供直营店纳税证明、盈利证明、员工在职证明、或者相关许可证未满一年、未做信息变更、过期失效等导致备案申请被退回。
总之，在商业特许经营备案办理过程中，任何材料的缺失或者存在问题和瑕疵，均会对备案的审核进程和结果造成较大影响，因此对企业所在地商务主管部门的审核要求及材料准备的完整性、细致性都至关重要，在企业对该项事务不熟悉的情况下，建议可咨询主管部门或咨询相关领域咨询师和律师进行了解。
