在我国的商业特许经营活动中，有较多的招商加盟企业在从事商业特许经营的时候，因对商业特许经营相关的法律法规不熟悉，从而导致未按照《商业特许经营管理条例》的规定，在签订首份加盟合同后的15日内向企业所在地的商务主管部门提交备案申请，从而导致在后续办理备案的过程中被商务主管部门认定为逾期备案。
若企业在办理备案的过程中遇到此问题，可参考以下处理步骤和方式：
提交逾期备案说明：根据《商业特许经营管理条例》的规定，如果未能在规定时间内提交备案，企业需要按照备案系统的要求提交《逾期备案说明》。这份说明应当详细阐述逾期备案的原因，并需要加盖企业公章。
使用备案系统模板：备案系统中通常会提供《逾期备案说明》的模板，企业可以下载该模板并按照要求填写相关信息。
及时补正：在提交了《逾期备案说明》后，企业应尽快补正其他备案材料，确保所有信息准确无误，以便顺利完成备案流程。
了解新规定：由于法律法规可能会有所变动，建议企业及时了解新的《商业特许经营备案管理办法》等相关规定，以确保按照新的要求进行备案。
加强内部管理：为避免逾期备案的情况再次发生，企业应加强内部管理，建立相应的监督机制，确保在签订特许经营合同后能够及时完成备案工作。
咨询业内意见：如果企业在处理逾期备案问题时遇到困难，可以寻求商业特许经营或招商加盟领域的职业律师或咨询师做相关法律问题的咨询，以获得更具体的指导和帮助。
诚信经营：企业应认识到及时备案的重要性，不仅是遵守法律法规的要求，也是企业诚信经营的体现。逾期备案可能会影响企业的信誉和后续的经营。
关注后续监管：完成逾期备案后，企业应继续关注商务主管部门的后续监管要求，确保持续合规经营。
综上所述，处理逾期备案问题需要企业按照规定提交逾期备案说明，并补正其他备案材料。同时，企业应加强内部管理，确保今后能够及时完成备案工作，维护企业的合法利益和良好信誉。
