特许经营商务部备案流程主要包括以下步骤：
特许人应准备特许经营备案所需的相关材料，这些材料可能包括主体资格证明复印件（如营业执照复印件）、特许经营范围的注册证书复印件、由设区的市级商务主管部门开具的证明文件、直营店营业证明（如位于境外，需经公证机构公证和中国驻当地使领馆认证）、特许经营合同样本、特许经营操作手册的目录，以及国家法律法规规定的相关批准文件等。
在商务部网站进行备案信息填报，并提交相关材料。在此过程中，可能需要办理“两店一年”证明，并获取登录号以便进入商业特许经营信息管理系统。
商务主管部门会对提交的材料进行审核，并通知审核结果。审核通过后，商务主管部门会将备案信息公示在中国商业特许经营网（商业特许经营信息管理系统）上。
特许人应在公示后进行公告，并通知受许人查看公示信息。之后，特许人应制作和发放备案证明文件。
请注意，特许经营备案流程可能因地区和行业而有所不同，具体操作时应仔细阅读相关法律法规和政策文件。同时，特许人应在备案范围内进行经营活动，超出特许经营备案范围的，将依法承担相关责任。
此外，如果涉及外资公司，还需要提交外资公司批准证书副本原件、复印件等相关材料。如果注册公司营业执照登记事项发生变更，也需要提交工商行政主管部门出具的工商登记变更证明。
建议在备案前咨询商业特许经营备案服务机构，以获取更详细和准确的指导。
