四川省商业特许经营备案的审核机构和流程如下：
审核机构：
初审受理机关：市（州）商务主管部门。
备案机关：四川省商务厅。
办理流程：
企业网上注册：特许企业需要在商务部官网进行特许企业注册。
企业网上填报：注册后，企业需登录并填写相关信息提交。
商务主管部门审核：提交信息后，等待商务主管部门进行审核。
企业网上打印并提交：审核通过后，企业需要在网上打印相关材料并提交至商务主管部门。
商务主管部门公告：商务主管部门对提交的材料无误后，会进行公告。
企业备案成功：公告无异议后，企业备案成功。
需要注意的是，在准备材料时，特许人需要提供包括企业基本情况在内的备案申请报告等相关资料。此外，注册地在境外的企业应提交至商务部，而注册地在境内的企业则提交至所在省级主管部门。
综上所述，四川商业特许经营备案申请的审核机构为四川省商务厅及其下属的市（州）商务主管部门，办理流程涉及网上操作和纸质材料的提交，以及商务部门的审核和公告环节。
