经颅磁刺激（Transcranial Magnetic Stimulation, TMS）是一种非侵入式神经调控技术，通过在头皮上放置的磁线圈产生短暂的磁场，磁场穿过头皮和颅骨，到达大脑皮层，从而改变神经元的膜电位，产生感应电流，影响神经细胞的兴奋性，进而改变中枢神经系统的神经电活动和代谢，产生相关生理效应，达到治疗作用。
在治疗卒中后手功能障碍方面，TMS的作用机制主要体现在以下几个方面：
评估半球间连接和皮层兴奋性变化：通过单脉冲或成对脉冲TMS，可以评价半球之间的连接以及病变侧大脑半球与健侧大脑半球皮层神经元的兴奋性变化。
重塑半球间抑制失衡：脑卒中后，患侧对健侧的半球间抑制作用减弱，导致健侧对患侧的半球间易化增强，引起大脑半球间失衡，影响肢体功能恢复。TMS可以通过调节皮质兴奋性重塑半球间抑制失衡，促进脑卒中后运动功能恢复。
改善神经功能：低频rTMS（1Hz）作用于患侧大脑半球通过兴奋神经元强化对健侧半球的抑制作用，进一步促进肢体功能恢复。
促进脑卒中后运动功能恢复：TMS在脑卒中患者治疗中具有良好的临床反馈，能有效改善脑卒中患者的运动功能，促进康复。
影响基因表达和蛋白水平：TBS可以影响基因表达和蛋白水平，从而影响脑内突触连接的改变，促进大脑相关功能的恢复。
诱导长期可塑性效应：TBS可以诱导长期可塑性效应，如长时程增强（Long Term Potentiation, LTP）或长时程抑制（Long Term Depression, LTD），从而调节大脑皮质兴奋性。
结合其他治疗手段：TMS可以与其他治疗手段如物理治疗、作业训练等结合使用，以提高治疗效果。
，经颅磁刺激治疗卒中后手功能障碍的作用机制涉及到神经电生理的改变、神经网络的重组、基因表达和蛋白水平的调整以及长期可塑性效应的诱导，这些机制共同作用于脑卒中后的神经功能恢复过程。