软器械消毒中心的分区布局分为五大部分，分别是污染区、烘干区、包装及灭菌区、无菌区和辅助区。
污染区又主要包括污物接收通道（分感染性软器械接收大厅和非感染性全器械接收大厅）、金属探测扫描及分拣区、医疗废物暂存间（标准明确规定，但很容易被忽视，该方面房子五类医疗废物垃圾桶，分别为感染性废物、损伤性废物、化学性废物、药物性废物和病理性废物）、污区缓冲间、污区洁具间、转运推车清洗消毒间、污洗区（安装隔离式洗衣机的区域）。
烘干区主要配置的机器为烘干机（含单机集成系统）、并联式贯穿式烘干机、穿墙或独立的手术衣整烫机。
包装及灭菌区包括灯检位置、折叠台面、传送轨道、配包台、分类储存架、高温灭菌工作站、质检室等，当然还应设置洁区缓冲间和洁区洁具间。
针对质量监测，应包括洗涤消毒质量监测和灭菌质量监测，如BD、BI以及软器械耐水压等指标测试。受制于消毒工厂的自检能力，第三方检测必不可少，包括落尘率、物表、手卫生、空气和手术包的菌落检测。
根据标准要求，软器械消毒中心应提供相关的监测和监测报告，必要时，还应提供相应的技术解释。
