通道计数在设备初始化期间自动协商，并且可以被任一端点限制。例如，单通道PCI Express（×1）卡可以插入多通道插槽（×4，×8等），初始化周期自动协商***高相互支持的通道数。该链接可以动态地自动配置自己，以便使用较少的通道，在存在不良或不可靠的通道的情况下提供故障容限。PCI Express标准定义了多个宽度的插槽和连接器：×1，×4，×8，×12，×16和×32。这允许PCI Express总线服务于不需要高吞吐量的成本敏感型应用，以及诸如3D图形，网络（万兆以太网或多端口千兆位以太网）和企业级存储（SAS或光纤通道）等关键性能的应用。
作为参考，使用四路（×4）的PCI-X（133MHz 64位）设备和PCI Express 1.0设备具有大致相同的峰值单向传输速率为1064MB / s。 在多个设备同时传输数据的情况下，或者与PCI Express外设的通信是双向的情况下，PCI Express总线具有比PCI-X总线更好的性能。
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