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马铃薯在生育期中和块茎贮藏期间，非常容易受到各种病菌的侵染，发生多种病害。病害的发生与流行，不仅损坏植株茎叶，影响产量，还直接侵染块茎，轻者降低质量，重者使块茎腐烂，造成更大的损失。马铃薯的病害有真菌和细菌侵染而引起的，还有病毒侵染而造成的。关于病毒病，在脱毒种薯部分中已经提到，不再重复。这里重点介绍国内外发生普遍而严重的病害及其防治方法。
（1）降低菌源，减少中心病株发生：种薯人窖前，除充分晾晒和挑选外，还可用75％百菌清、72％克露、25％甲霜灵等药液喷一下，尽量杀死附在种薯上的晚疫病真菌。播种前，对芽块再用上述药剂进行处理。即每150千克芽块[667平方米（1亩）地用种量]，用50克上述任一种农药，加水2～3升，用喷雾器均匀喷在芽块上，以麻袋或塑料布覆盖闷12～24小时；或将相同剂量药剂，加细灰或细土2～3千克，混合均匀后拌在芽块上，再用来播种。
（2）进行药剂防治，保护未感病茎叶：进行药剂防治，必须有较准确的晚疫病发生发展的预报，才能收到较好的防治效果。药剂对晚疫病只有预防和控制作用，没有治愈的功能。要提前用药，做到防病不见病，才是效果。所以用药要讲究时机，时机准，防效才高。
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