企业申请公共机构绿色食堂服务认证证书需要准备的材料包括：
1. 申请表：填写完整的申请表，包括企业基本信息、食堂服务情况、绿色环保措施等。
2. 证明文件：企业营业执照、税务登记证、组织机构代码证等相关证明文件的复印件。
3. 管理制度：企业食堂管理制度、食品安全管理制度、环境保护管理制度等相关管理制度的复印件。
4. 场所环境：企业食堂场所平面图、厨房设备清单、食堂环境卫生照片等相关材料。
5. 服务质量：企业提供的食物样品、菜单、服务质量评价等相关材料。
6. 人员资质：企业食堂工作人员的健康证、厨师证等相关资质证明文件的复印件。
7. 其他材料：根据认证机构要求，可能需要提供其他相关材料。
企业在准备申请公共机构绿色食堂服务认证证书的材料时，需要认真核对每一项材料的真实性、准确性和完整性，确保申请材料的质量。同时，企业也需要积极学习和了解绿色食堂服务认证的相关标准和要求，为申请工作做好充分的准备。
公共机构绿色食堂服务认证证书的申请流程一般包括提交申请、审核材料、现场考察、颁发证书等环节。企业需要按照认证机构的要求，有序地完成每一个环节的工作，终获得公共机构绿色食堂服务认证证书，为企业的可持续发展和公共机构的绿色环保工作做出贡献。