生物有机肥和粪肥同样能够补充有机质，促进团粒结构的形成。但从生产无公害蔬菜和蔬菜的可持续发展方面来讲，生物有机肥更有优势。
其一，生物有机肥比粪肥“无害”。
两种肥料的区别重点在于“腐熟”和“无害”。与生物有机肥相比，粪肥存在许多缺陷：一是含盐分较多，容易使土壤盐化。二是粪肥带有大量的病菌、虫卵，引发棚室内的病虫害；三是粪肥养分含量不稳定，不能做到合理补肥。四是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
其二，生物有机肥改良土壤效果更迅速。
若是土壤出现了不良状况，使用生物有机肥改良比粪肥更加快速。这是因为生物有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。生物有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
其三，生物有机肥的养分配比更合理。
生物有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。
