高新技术企业会计核算要点主要表现在以下几个方面：
一：建立研发费用会计核算制度，做到单独建账，独立核算。
研发费用需要进行单独建账，独立核算，是会计核算的基本要求，也是财务管理的多方面需求。（企业经济要素六大内容：资产、负债、所有者权益、收入、成本、利润）
首先，高新技术企业认定中研发费用的归集中要做到单独建账，独立核算，能完整、准确反映研发经费支出。
其次，研发费用所得税税前加计扣除也需要做到单独建账，独立核算。根据规定，企业必须对研究开发费用实行专账管理，按照项目规定准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。
财政分期补助等项目也需要对研究开发费用进行单独建账，独立核算。项目和课题经费应当纳入单位财务同意核算，确保专款专用。
二：科学设置研发费用会计核算科目体系
研发费用单独建账，独立核算，要在“研发支出”科目下按项目名称、经费来源、费用明细进行会计核算。
在设置会计科目时还需同时兼顾不同会计核算的需求，因为高新技术企业认定、所得税税前加计扣除、财政补助项目等对研发费用的核算口径不一致，为了满足研发费用不同的归集需要，在设置研发费用明细科目时需根据需要进行增减。
如高新技术企业往往会申请研发费用加计扣除，在设置会计科目时应兼顾两者需要，在“直接投入”、“其他费用”下增加加计扣除需要归集的而高新技术企业认定中项目。
三、高新企业核算重点：
1.研发费用归集要求
企业从事研发活动发生的下列费用支出，可纳入税前加计扣除的研究开发费用范围：
1）企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的 范围和标准为在职直接从事研发活动人员缴纳的基本养老保险金、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金。
2）专门用于研发活动的仪器、设备的运行调整、检验、维修等费用。
3）不构成固定资产的样机、样品及一般测试手段购置费。
4）新药研制的临床试验费
5）研发成果的鉴定费用
3.企业可以聘请具有资质的会计师事务所或税务师事务所，出具当年可加计扣除研发费用专项审计报告或鉴定报告
4.主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供地方级（含）以上政府科技部门出具的研究开发项目鉴定意见书。
5.研发费用核算
6.研发费用资本化
7.营业收入明细核算
8.成长性指标
