上海办理第二类医疗器械经营备案凭证的过程如下：
申请材料应完整、清晰，准确无误，涂改处应盖章或签名，使用A4纸打印或复印。
申请人应向所在地设区的市级食品药品监督管理部门提交符合第二类医疗器械经营备案材料要求的备案材料。
受理工作人员应对申请材料进行审查，对申请材料齐全、符合法定形式的，予以受理。
审查通过后，经办人员当场对申请材料进行审查，对申请材料齐全、符合法定形式的，当场作出准予许可的决定。
根据审批决定，经办人员当场制作《第二类医疗器械经营备案凭证》并送达申请人（或根据申请人要求通过物流快递等方式送达）。
以上就是上海办理第二类医疗器械经营备案凭证的全部过程。
