农产品冷链物流建设成本高、规模大。为了保证系统的敏捷性和高收益性，减少农产品在生产和流通过程中的损失，对系统的网络信息技术的能力有较高的要求。因为冷链物流的高要求以及农产品本身的特点，因为农产品冷链有较严格的时效性，且冷链物流的环节较多，每个环节的主要功能差异也较大。
2.环境要求
因为冷链物流要求产品在低温环境下进行冷藏和运输，所以需要耗费大量的电源等能量。农产品冷链物流容易受到市场供求，季节与天气，运输等因素的影响，而收益受损，有较高的风险性。
从农产品冷链物流的全过程来看，制冷环境是整个冷链的关键。当前冷库以及冷藏车的数量和质量无法满足冷链物流快速发展的需求。与普通仓库相比，冷库的建设周期长，投资大，通用性低；冷藏运输车与普通卡车的一般特性也不同，其需要更长的制造周期和更高的价格。
3.季节特点
现在的冷库面积以及冷藏车厢的数量，与其实际需求差距较大。当前，冷链基础设施发展缓慢的情形，已成为了冷链物流发展的一个重大桎梏。但由于基础设备薄弱，技术上很不完善，使得冷链物流的效率较低。农产品冷链物流日常运营需要大量的人力，再加上冷库、车辆等设施的维护，技术的完善等，都需要大量的资金输出。但由于季节特点，企业容易产生资金风险。
同时，由于农产品的易腐性质，若冷链环节出现故障，可能会造成大量的损失，对于企业经营者来说，存在较大的风险。企业冷链物流体系的建设应分批付款且资金过大，不足以满足一些中小型物流企业的需求，投资建设力量相对匮乏，从而导致农业冷链物流体系建设相对不足。
四、经济效益
大多数冷链物流公司在重视经济效益的同时，对农产品本身和运输的质量却不够注重。在实际应用中不能合理有效地运用**的仓储技术，温度控制、监督管理技术。一些公司为了节省能耗的使用或工作人员的操作不正确，而无法确使农产品在冷链物流的运输全程中处于一个科学规范的低温环境下，这使得农产品的质量以及安全性都可能有所下降。