是的，经营医疗器械第三方网络平台必须进行备案，如果没有备案，将面临严重的处罚。
根据《国务院办公厅关于加强互联网药品信息服务监管工作的意见》和《互联网药品信息服务资格认定办法》，承担医疗器械相关业务的第三方网络平台需在国家药品监督管理局完成备案手续，并取得备案凭证。只有获得备案凭证的平台才能够开展医疗器械相关业务。如若不按规定备案或备案后违反规定，将受到监管部门的处罚。
具体来说，违反规定的第三方网络平台将被依法责令立即停止违法行为并限期整改，否则将会被暂停业务等相关经营许可证件；情节严重的，则会被吊销相关证照，同时还可能面临罚款、刑事处罚等惩罚。此外，违规行为对企业的信誉度与声誉也会造成不可逆转的负面影响。
因此，经营医疗器械第三方网络平台必须依照规定进行备案，并严格按照备案要求开展业务，以切实保障用户的合法权益与健康安全。
