虫草花的颜色决定其品质的高低，与是否染色没有关系。至于泡洗时，会见到浸泡的水呈淡褐色，或在炖煮后汤和肉也会呈现出与虫草花一致而清澈的颜色，这是正常的（好比洗、炖冬菇一样有颜色。）。值得提醒的是，虫草花具有独特的香味如草菇香气，煮熟或做汤味道鲜美，但水洗时脱色，有异味，吃时口感变差，就有可能被染色了。
虫草花子实体的数量、完整性、饱满程度等直接决定着虫草花的品质。如图：左边最优，中间次之，右边再次之。
虫草花的品质受很多因素影响。加工、存放不当，日晒、受潮、久储等因素会导致色泽变深或变浅。采收后处理情况、干燥温度、放置时间等也会影响其色泽。培养基主要用大米、玉米、小麦、牛奶等多种多样，除了主料，还要添加一些辅料的，这些因素会影响到产品的颜色。
所以，虫草花采收后，放入洁净的器具内及时烘干或晾干，干燥后的子座存放在密闭的塑料袋内储存或出售。采收后，根据情况给培养基补充水分或营养液，保持适宜的温度让其恢复生长，还可再采收1~2茬子座。看虫草花是否佳品，最简单的办法就是看其头部的子实体，这是其有效成分最集中的地方，子实体的数量、完整性、饱满程度等直接决定着虫草花的价格高低。